日本跨境小包報關的主要單證有以下幾種：
1.進口貨物報關單。一般填一式兩份。日本跨境小包一件代發報關單填寫項目準確、齊全、字跡清晰，不得使用鉛筆；報關單中的每一欄，如果海關規定有統計代碼，并有稅則編號和稅率項目，報關人員應用紅筆填寫；每份報關單只填寫四種貨物；如果發現有無或其他惰性情況需要變更填寫內容，應主動及時向海關提交變更單。
2.日本跨境小包出口貨物一件代發報關單。一般填一式兩份。填寫要求與進口貨物報關單基本相同。如果由于填寫錯誤或需要更改填寫內容而沒有主動及時更改，報關單位應在出口報關后三天內向海關辦理更正手續。
